Urodził się w 1835 roku w Wilnie. Ojciec był profesorem matematyki na Uniwersytecie Wileńskim. Po ukończeniu Instytutu Szlacheckiego (1843-1850) podjął studia w Instytucie Agronomicznym w Hory-Horkach koło Orszy. Zrezygnował z nich po dwu latach. Przeniósł się do Mikołajewskiej Szkoły Inżynierii Wojskowej w Petersburgu. Po jej ukończeniu (1855) został adiunktem matematyki oraz awansował do stopnia porucznika. Następnie pracował przy budowie kolei żelaznej Odessa – Kijów – Kursk. Z powodów zdrowotnych otrzymał zwolnienie z wojska w 1863 roku. Gdy wybuchło powstanie styczniowe, objął obowiązki naczelnika litewskiego Wydziału Wojny. Po upadku powstania został aresztowany i osadzony w więzieniu. W wyniku procesu skazano go na karę śmierci. W więzieniu otaczała go atmosfera świętości. Wskutek interwencji krewnych i przyjaciół, a także z obawy że po śmierci Polacy mogą uważać Józefa Kalinowskiego za męczennika i świętego, władze carskie zamieniły mu wyrok na dziesięcioletnią katorgę na Syberii.

Po ciężkich robotach, zmianach kolejnych miejsc zsyłki oraz wielu przeżyciach Kalinowski powrócił do kraju w 1874 roku. Tutaj zaproponowano mu stanowisko wychowawcy Augusta (kandydata na ołtarze) – syna księcia Władysława Czartoryskiego. Opiekował się nim przez trzy lata. W 1877 roku Józef Kalinowski wstąpił do nowicjatu karmelitów w Grazu, przybierając imię Rafał. Po studiach filozoficznych i teologicznych otrzymał święcenia kapłańskie (1882). W kilka miesięcy później został przeorem klasztoru w Czernej, następnie w Wadowicach. Był spowiednikiem o wyjątkowych darach, nazwano go „ofiarą konfesjonału”.
Zmarł 15 listopada 1907 roku. Jego relikwie spoczywają w kościele karmelitów w Czernej.
Beatyfikował go Jan Paweł II w 1983 roku, kanonizował w 1991.
Patron oficerów i żołnierzy Orędownik w sprawach trudnych i beznadziejnych.

Modlitwa

Boże, Ty napełniłeś świętego Rafała, prezbitera, duchem mocy w przeciwnościach i wielkim umiłowaniem jedności Kościoła, spraw za jego wstawiennictwem, abyśmy mocni w wierze i wzajemnej miłości, wielkodusznie współdziałali dla osiągnięcia jedności wszystkich wiernych w Chrystusie. Który z Tobą żyje i króluje w jedności Ducha Świętego, Bóg, przez wszystkie wieki wieków. Amen.