Jan de Yepes urodził się w Fontiveros koło Avili. Po śmierci ojca pracował zarobkowo jako krawiec, tkacz, pielęgniarz. Mając 21 lat wstąpił do karmelitów. Podczas studiów w Salamance otrzymał święcenia kapłańskie (1566). Pokochawszy krzyż Chrystusa, nigdy nie przestał cierpieć. Był głównym pomocnikiem św. Teresy z Avila w reformie zakonu. Spowiednik, mistrz nowicjatu, wystąpił z próbą zreformowania zakonu. W 1578 roku został aresztowany przez oponentów i osadzony na 9 miesięcy w więzieniu klasztornym. Traktowany jako buntownik dostępował wielu mistycznych łask.

.

Poematy które wtedy powstały: „Pieśń duchowa”, „Noce ciemności”, należą do szczytów mistyki. Jan od Krzyża głosił konieczność całkowitego ogołocenia wewnętrznego, aby dojść do pełni zjednoczenia z Bogiem. Po ucieczce z zakonnego więzienia podjął dalszą reformę klasztorów.
Umarł w Ubeda z 13 na 14 grudnia mając 49 lat. Pozostawił po sobie pisma prozą i wierszem, ukazujące jego duchowe doświadczenia oraz rozumienie mistyki od strony teologicznej.
Jego relikwie znajdują się w kościele karmelitów w Segovii.
Beatyfikowany w 1591 roku, kanonizowany w 1726. Pius XI ogłosił go doktorem Kościoła (1926).
Jest patronem karmelitów bosych.

W ikonografii  św. Jan od Krzyża przedstawiany jest w habicie karmelitańskim.
Jego atrybutami są: otwarta księga, krucyfiks, lilia, orzeł u jego stóp.

Modlitwa

Boże, Ty obdarzyłeś świętego Jana od Krzyża, prezbitera, niezwykłą miłością krzyża i zupełnego wyrzeczenia się siebie, spraw, abyśmy wytrwale idąc za jego przykładem, osiągnęli wieczną chwałę. Przez Chrystusa, Pana naszego. Amen.