Urodził się w 1506 roku na zamku Xavier (Hiszpania). Ojciec był doktorem uniwersytetu w Bolonii, prezydentem Rady Królewskiej Navarry. W 1525 roku Franciszek podjął studia teologiczne w Paryżu. Uzyskawszy stopień magistra wykładał w kolegium. Zaprzyjaźnił się wtedy z św. Ignacym Loyolą. W 1534 roku złożył z nim i innymi towarzyszami śluby.  Dało to początek Towarzystwu Jezusowemu.

W trzy lata później przyjął święcenia kapłańskie. W latach 1537-1538 apostołował w Bolonii, a następnie w Rzymie. W tym czasie Paweł III zatwierdził nowe zgromadzenie-jezuitów. W 1541 roku, zaopatrzony w królewskie pełnomocnictwa oraz mandat legata papieskiego, przez Lizbonę wyruszył na misje do Indii. Wylądował w Goa 6 maja 1542 roku. Pokorą i niezwykłą postawą pełną miłości zjednał sobie tamtejszych mieszkańców. Nawrócił niezliczone rzesze. Zorganizował liczne misje, seminarium, nowicjat. Odbył misje, m. in. do Malakki (północny Singapur), na Moluki, Cejlon, wyspę Ambon, Kochin (Wietnam). Następnie rozpoczął ewangelizację w Japonii, gdzie założył stuosobową wspólnotę chrześcijan. Był tytanem pracy nadzwyczajne sukcesy były owocem jego modlitwy i głębokiego życia wewnętrznego.
Zmarł 3 grudnia 1552 roku na wyspie Sancian koło Kantonu podczas misji do Chin. Ciało jego sprowadzono do Goa, gdzie spoczywa w kościele Di Gesu. Św. Franciszka kanonizował Grzegorz XV (1622).
Jest patronem zakonu misjonarzy misji katolickich ( 1927), Indii, Japonii. Marynarzy. Orędownik w czasie zarazy i burz.

W ikonografii św. Franciszek Ksawery przedstawiany jest w sukni jezuickiej obszytej muszlami lub w komży i stule. Niekiedy otoczony jest gronem tubylców.
Jego atrybutami są: gorejące serce, krab, krzyż, laska pielgrzyma, stuła.

Modlitwa

Boże, Ty przez misjonarską działalność świętego Franciszka Ksawerego pociągnąłeś do światła Ewangelii liczne narody, daj wszystkim wiernym tę samą gorliwość w rozszerzaniu wiary, aby na całej ziemi Kościół święty cieszył się z nowych wyznawców. Przez Chrystusa, Pana naszego. Amen.